Preparando Ambiente Connector/J

Assim que instalar o MySQL é preciso adicionar o driver chamado mysql-conector-java-5.0.4-bin.jar para a pasta do JDK ou na pasta do projeto desejado.
Passo1:
C:\Arquivos de programas\MySQL\MySQL Tools for 5.0\java\lib

Copie o driver: mysql-connector-java-5.0.4-bin.jar (estou usando a versão 5)

Agora cole na pasta do projeto que deseja utilizá-lo.

Passo2:
C:\workspace\MeuProjeto

Abra o Eclipse, clique no view Package e pressiona F5 para atualizar, o mysql-connector-java-5.0.4-bin.jar irá aparecer, selecione com o botão direito e clique em Build Path > add.

Pronto. Agora podemos conectar com o Banco de Dados MySQL.
Ferramentas utilizadas:

MySQL Server 5.1
MySQL Tools for 5.0
JDK
Eclipse

Teste:

import java.sql.Connection;
import java.sql.DriverManager;
import java.sql.SQLException;

public class Conectando {

  public static void main(String[] args) throws SQLException, ClassNotFoundException {

  Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver");

  Connection con = DriverManager.getConnection("jdbc:mysql://localhost/nomeBanco", "seuUsuario",   "suaSenha");

  System.out.println("Conectado!");

  con.close();

 }

 }